クロスドメイン（ドメイン跨ぎ）が、きちんと出来ているか、cookieで確認。

はい。GoogleAnalyticsにおいてクロスドメインの計測方法はいろんなサイトで公開されておりますが、
実際にタグ設置をした場合、どういった点を確認することで、クロスドメインの計測が出来ているかを判別しているかを
記載したいと思います。

まずクロスドメインの計測をひも解くと、結局はクッキー情報の引き渡しに尽きるんですね。

クッキー情報（utm情報）を渡すことが出来れば、アナリティクスの計測上は解決なのです。

だから、クロスドメインの計測確認は、クッキーをみれば、OK

見る方法はデバッガーを使う事！

firefoxであれば、firebug
クロムであれば、GAdebug が良いです。
ちなみに画像はfirebugを使ってます。

utmaとutmzの情報が引き継がれていれば問題ないです。

クッキー引き渡しが出来ていないと、ドメインを跨ぐ前後のここの値が全く異なっているので、
比較的わかりやすいです。

１つ懸念としては、別窓クロスドメイン時は旧タグを使わざるを得ないってのがちょっと気になります。

Jクエリやジャバスクリプトでプログラム組むしかないんでしょうね。。