純広告のクリック数とGoogleAnalytics上での訪問数に大きな差が。。。

そもそも、計測している定義が違うので、差が出るのは当たり前です。

１回の訪問で広告のクリックを２回３回もする人っているはずです。
GoogleAnalyticsはjavascriptでの記述のため、ブラウザ自体のジャバスク設定がオフになっている場合は
GoogleAnalytics管理画面上では訪問数はカウントされず、クリックだけがカウントされるはず。

などなど。

そもそもウェブビーコン自体、１００％データを取得できるものではないため、
上記のような疑問はナンセンスですね。

ただし、実数値としてかなりの乖離がある場合は、解析ツールのタグ実装状況等に問題がある可能性もあります。
タグ自体導入されていないページがあれば、当然乖離が出るのもあたりまえですしね。

大きい乖離が出る場合は、解析ツール管理画面・タグ実装状況などなど追跡していく必要がありますね。